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  根据《北京市地方税务局关于明确土地增值税征收管理若干问题的通知》（京地税地【2003】73号）文件第二条规定：对于与销售面积达到总建筑面积95%以上，尚有一些工程尾款未付清，可以办理土地增值税竣工清算手续的项目，采取按土地增值税政策规定的允许扣除项目实际应发生的成本和费用为准作为扣除项目依据，即签订的施工预算合同中规定的金额为扣除项目金额，超过付款期的利息或罚款等支出不允许做为扣除金额进行扣除。