国家税务总局日前发布《关于印发内地和香港税收安排第二议定书及税务主管当局代表换函的通知》（国税发【2008】70号）称，从2008年6月11日起，内地和香港税收安排第二议定书正式生效，相关税收规定以通知为准。
据悉，2007年9月10日至11日，内地税务主管当局代表和香港税务主管当局代表在北京就《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》（国税函【2006】884号）（以下简称《安排》）部分条款的理解及执行问题进行了磋商，磋商结果分别以第二议定书及主管当局代表换函的形式予以确认。近日双方已完成上述议定书生效所必需的法律程序，确认该第二议定书自2008年6月11日起生效。
根据通知明确，第二议定书对《安排》作出如下修改：
一、根据新企业所得税法的规定，取消《安排》第二条第三款（一）项关于适用税种的规定，将“在内地：1.个人所得税；2.外商投资企业和外国企业所得税。”修改为“在内地：1．个人所得税；2．企业所得税。”
二、取消《安排》第四条第一款（一）项的规定，用下列规定代替：
“（一）在内地，是指按照内地法律，由于住所、居所、成立地、实际管理机构所在地，或者其他类似的标准，在内地负有纳税义务的人。但是，该用语不包括仅由于来源于内地的所得，在内地负有纳税义务的人；”
原规定为：一、在本安排中，“一方居民”一语，有以下定义：（一）在内地，是指按照内地法律，由于住所、居所、总机构所在地、实际管理机构所在地，或者其它类似的标准，在内地负有纳税义务的人。但是，该用语不包括仅由于来源于内地的所得，在内地负有纳税义务的人；
三、取消《安排》第五条第三款（二）项中“六个月”的规定，用“一百八十三天”代替。
原规定为：三、“常设机构”一语还包括：（一）建筑工地，建筑、装配或安装工程，或者与其有关的监督管理活动，但仅以该工地、工程或活动连续六个月以上的为限；
四、《安排》第十三条第四款及议定书第二条提及的公司财产不少于百分之五十由位于一方的不动产所组成，按以下规定执行：
在股份持有人转让公司股份之前三年内，该公司财产至少百分之五十曾经为不动产。
原规定为：四、转让一个公司股份取得的收益，而该公司的财产主要直接或者间接由位于一方的不动产所组成，可以在该一方征税。
五、取消《安排》第十三条第五款的规定，用下列规定代替：
“五、除第四款外，一方居民转让其在另一方居民公司资本中的股份或其他权利取得的收益，如果该收益人在转让行为前的十二个月内，曾经直接或间接参与该公司至少百分之二十五的资本，可以在该另一方征税。”
原规定为：五、转让第四款所述以外的任何股份取得的收益，而该项股份相当于一方居民公司至少25%的股权，可以在该一方征税。