随着我国对外开放的不断发展，我国港口的进出口业务量逐年增大，为外贸进出口业务服务的货运代理（以下简称“货代”）行业也蓬勃发展起来。作为一个新兴行业，货代行业无论在财务核算上还是在流转税（在此指营业税）的计税依据上都与一般的企业不同，由此给该行业企业所得税的征管带来了一些新的问题。
与其他行业相比，货代行业自身有一套基本的业务操作流程。一般业务包括八个步骤：合同确认→订舱出号→安排入货→安排报关、报验、商检→提单确认→运费收付→签发提单→退核销单。从服务范围看，该行业可划分为陆运、空运和海运代理；从货代的服务领域看，有国内货运代理和国际货运代理。本文研究分析的对象为国际海洋运输代理。
从对青岛市市南国税局2006年所辖1054户货代企业的调查情况看，2006年度所得税汇算清缴结束后，盈利562户，亏损492户，应纳所得税合计16875106 元。总体看，货代行业亏损面比较高。通过对货代企业费用指标的分析，亏损的原因多在收入和成本上。
货代行业亏损的真实原因
1.有些企业不按《企业财务制度》的基本原则核算，特别是不按照“权责发生制原则”核算收入成本费用。核算上收入滞后、成本提前或虚列。多数公司是以开出发票实际收款时作为实现收入。造成收入滞后，使得所得税应纳税所得额可以在不同年度内调节。
2.按照税法规定，货代行业营业税的计税依据是应收项目减去应付项目的差额，与一般按营业收入全额计征营业税不同。大部分公司受到该行业营业税差额计征的影响，财务上对主营业务收入也实行收付差额核算，不按全额核算主营业务收入，而使用应收款项和应付款项差额倒挤收入，没有主营业务成本科目；在所得税申报时只有毛收入而没有主营业务成本。而这两者是有本质区别的，使用主营业务收入和主营业务成本科目核算收入成本，所得税要求成本列支必须有真实、合法、有效的原始凭证；而采取用应收款项和应付款项差额倒挤收入的做法则至少存在两个问题：一是可以虚拟应付款项账户和金额，应付款项账户长期有大量的余额；二是应付款项金额发生时没有真实、合法、有效的原始凭证，而使用这些“没有真实、合法、有效的原始凭证”所记载的应付款项金额来冲减收入得出的净收入严重违背了《企业财务制度》，也不符合所得税收入成本的配比原则和成本项目的真实性原则。
3.成本列支项目严重失真，存在虚开发票（海运费、陆运费、场站费、装卸费等）、收据列支或通过发票大头小尾手段多列成本问题，有些货代企业之间甚至虚开发票增加营业成本。成本项目无原始单据，或用复印件、白条列支成本，或用本单位的业务数据即应付账款数据做应付成本项目金额，造成毛利率较低。
4.佣金收入不入账。在货代行业中，佣金一般有两种形式。一是船运公司给货代企业返佣（或折扣、或货币资金返还、或为货代企业报销费用）；二是国外代理同业付给国内代理同业码头操作费（无发票，但应做营业收入处理）。有些企业返佣收入不入账。
5.混淆营业税与所得税扣除项目时限，使应缴所得税滞后。由于货代行业营业税实行的是收付差额为计税依据，而且税务机关允许定期结算运费的货代企业在未取得发票或合法凭证之前在计算营业税时对已发生的运输费用按计划成本先行扣除，待与承运人结算并取得发票或合法凭证后的当月，按实际结算金额调整当月营业额。这一规定与所得税税前扣除要求有较大差异。大多货代企业没有区分营业税与所得税政策的不同，在所得税的计算上采用了营业税的扣除口径。
6.很多货代公司委托记账公司记账，衔接不规范，财务与业务存在脱节现象。
整改措施
一、 规范财务核算方面
1.彻底规范货代行业财务核算，严格按照收入成本确认原则，以《企业财务制度》规范货代公司的会计核算，纠正一些货代企业现行的通过应收、应付差额计算收入的核算方法，将差额核算收入改为在所得税申报上全额反映收入成本项目。
2.严格按照权责发生制原则，规范收入成本的确认时间，对尚未取得发票的成本（即无原始凭证）不得列支成本。可以考虑增设“待转主营业务成本” 过渡科目，通过“待转主营业务成本”科目核算因尚未取得真实、合法、有效的原始凭证而不能列支的待结转业务成本，待付款并取得有效的原始凭证后再从“待转主营业务成本”科目转入“主营业务成本”科目。在所得税汇算清缴时，对超汇算期仍未取得合法凭据的，当年所得税汇算清缴时不予以成本列支。
3.对应付账款长期挂账不付而无正当理由的，根据《企业财务制度》和国税发[2000]年84号文件规定，将应付账款转资本公积科目，进行纳税调整。
二、规范税收征管方面
1.对大量运费发票实行发票协查或真伪鉴别。对货代企业之间开具的发票进行协查；对于进出口企业取得货代企业的发票与货代企业开出的发票进行比对核查，对货代企业取得的海运费发票与船运公司开出的发票进行比对协查。加强国、地税机关的信息共享，及时采集货代企业运输、服务业、代理业发票存根联与发票联各项目的内容信息。
2.实行业务单证备查制。按单业务核算收入成本，建立财务业务流程台账。要建立每笔业务详细台账报表，对订舱单、委托书、托运单、出舱函、接交订舱函、报单号、报关、付汇、场站名称等进行系列台账登记，作为税务备查事项备查。
3.对支付的海运费成本，必须有外汇付汇证明且必须与外币银行对账单结合审核。
4.加强对财务核算不健全企业的核定征收工作。
5.以企业向地税局申报的营业税收入作为所得税申报中的毛利参考，在所得税申报中的毛利为负数或小于营业税计税依据是收入成本不配比的显著反映，必须立即进行纳税调整。
6.加强国外代理返佣的检查。
征管建议
一、加强所得税核定征收方面
理想的所得税征管是实行全面的查账征收。但由于货代业务涉及环节多，成本支出项目繁多且为普通发票，成本真实性的核实难度加大，毛利水平更难掌握。因此对于符合税收征管法核定征收条件的货代企业仍要核定征收，但现行的对货代行业的核定征收办法有待进一步完善。现行对货代行业的核定征收规定：一是对从事国际货运代理业务的，可以实行按收付差额依20%～30%的应税所得率核定，而对从事非国际货运代理业务的企业实行按收入全额依最低10%的应税所得率核定。由于“收付差额”本身能够人为调控，因此应税所得率解决不了根本问题。二是假如按收入全额核定征收，由于货代行业的总体毛利在5%左右，按收入全额10%核定意味着企业的净利润率要达到10%，这基本不符合实际情况，高于行业实际毛利，推行难度大，企业不能接受。
针对上述情况，笔者建议：核定征收方式按照成本费用核定方式，年终汇算清缴时再按照收入和费用核定孰高的原则进行调整。这样做的好处在于：有效地利用营业税的计税依据 “收入-成本费用”这个杠杆，如果企业想人为操作虚增成本费用少缴营业税，则用成本费用核定征收所得税时必然要多缴所得税；如果企业想人为操作减少成本费用，则依据 “收入-成本费用”作为计税依据缴纳营业税时，必然要多缴营业税。
二、加强对企业的监督检查
不定期到船运公司协查开船日期，从而核查货代企业是否及时做营业收入。对货代企业之间开具发票，特别是外地货代发票不定期进行协查。对于客户取得货代企业的发票及货代企业取得的海运费发票进行协查。加强国外代理返佣检查。加强国、地税机关的沟通，特别是加强国、地税机关共享营业税差额征收中的收付具体信息数据及附加资料的沟通。