保障水电建设的顺利进行，妥善处理地区间利益分配关系，促进经济社会协调发展，根据国务院批准的《财政部关于龙滩水电站税收分配问题的请示》（财预[2007]471号）中明确的有关原则，财政部昨天下发《关于跨省区水电项目税收分配的指导意见》（财预[2008]84号），就处理跨省区水电项目税收分配问题给予明确。
指导意见明确，跨省区水电项目是指淹没区域和坝址跨越两个或两个以上省（包括省、自治区、直辖市，下同）的水电项目。处理跨省区水电站税收分配问题，应遵循以下原则：一是以地区间平等协商为主，经协商难以达成一致意见的，经有关省申请，由财政部参照本意见研究办理；二是兼顾各省区在项目建设和运营阶段做出的贡献，适当考虑项目建成后坝址所在省为项目维护运转承担的公共支出成本；三是为企业创造良好的经营环境，妥善处理地区间财政利益，避免增加企业负担，保障水电项目平稳运行；四是坚持以人为本，帮助解决移民安置等重点和难点问题，促进库区经济社会稳定协调发展。
根据现行财政管理体制，将以下税收纳入跨省区分配范围：水电项目发电环节产生的增值税、企业所得税以及随增值税附征的城市维护建设税和教育费附加收入。其中，增值税为地方分成部分，企业所得税指纳税地点为坝址所在省缴纳的企业所得税地方分成部分。收入分配比例的确定原则如下：
对纳入跨省区分配范围的税收，按照因素法测算省区间分配比例。
（一）对坝址不跨省区的水电项目，按照移民人口（含坝区）淹没土地（含坝区）面积和坝址所在地为项目维护运转承担的公共支出成本三个因素测算，权重分别为49.5%、40.5%和10%.
（二）对坝址跨省区的水电项目，按照移民人口（含坝区）和淹没土地（含坝区）面积两个因素测算，权重分别为55%和45%.
上述因素中，移民人口和淹没土地面积按照国家批复的项目施工企业补偿投资中有关数据确定。由于各类土地对群众生产生活的影响程度不同，核定淹没土地面积时将耕地、林地与其他类型土地按1：0.5：0.2的系数折算为当量面积。