为进一步做好增值税专用发票稽核工作，提高稽核比对效率，增值税专用发票稽核系统将由5.4版本升级为6.0版本。根据总局有关规定，从2007年8月起专用发票稽核系统（6.0版）正式投入运行，原专用发票稽核系统（5.4版）继续并行一个月。各地采集的专用发票数据，两个系统同时进行处理。自2007年9月起 ，5.4版系统将停止使用。
新系统上线后，每月12日前，税局将运用防伪税控报税子系统采集发票存根联数据，对未报税企业及时催报；利用稽核系统（6.0版）具有的抵扣联滞留票按销售方查询功能，导出滞留票明细数据并及时补采存根联数据。
另据了解，新版稽核系统上线后，原《国家税务总局关于修订印发<增值税计算机稽核系统发票比对操作规程（试行）>的通知》（国税发[2004]43号）已由总局通知中告知废止。