转让收入难以核定的计税价格
2006年8月1日，国家税务总局下发通知，进一步明确住房转让以实际成交价格为转让收入。纳税人申报的住房成交价格明显低于市场价格且无正当理由的，征收机关依法有权根据有关信息核定其转让收入，但必须保证各税种计税价格一致。从江西省赣州市情况看，市政府在2005年8月出台了搞活住房二级市场的有关政策，即对中心城区存量房屋区域进行了等级划分，相关部门参考各等级基准价核定最低交易价格。随后，赣州市地税局、财政局、规划建设局、房地产局又联合下发通知，指出对申报成交价格明显偏低的，可采取三种方法进行核定：一是参照同类地区、同类地段、同类结构和同等楼层价格进行核定；二是提请有关中介机构评估；三是参照各级政府确定的最低交易价格核定。
但实际操作过程中，按“政府基准价”核定的最低交易价格往往低于房屋原价，使许多纳税人以房产证上注明的原价甚至更低的价格虚报交易价。对于近几年建筑的新房，如按“政府基准价”核定，转让收益为零，而建筑年代久远的房屋交易因原价低，转让收益畸高，税负出现倒挂，显失税负公平。如把“宝”押在中介对交易价进行评估上，且不说增加纳税人负担，鱼目混珠的评估机构，同样不能评估出合法公正的交易价格。
个税税率难调众口的自助餐
个税是个早已存在、但至今才被推至台前的二手房交易税种，日前，国家税务总局正式发布了二手房交易应强制征收个税的通知。而通知却似乎留有三处“活口儿”：一是纳税人不提供房屋原值凭证，税务机关可实行核定征收，幅度为住房转让收入的1%-3%。由此出现“20%据实征收”和“1%-3%核定征收”两个征收标准，造成地税部门的自由裁量权过大。二是卖房人会在两个标准之间权衡，取其轻。典型的表现是税法“自助餐”，导致弹性税收。三是通知规定了据实征收扣除成本的装修费用扣除限额，容易导致虚报装修费用，高报成本，减少税基。
个税优惠难以执行的好政策
财税字[1999]278号通知中出台了两个优惠政策：对出售自有住房并拟在现住房出售1年内按市场价重新购房的纳税人，其出售现住房所缴纳的个人所得税，先以纳税保证金形式缴纳，再视其重新购房的金额与原住房销售额的关系，全部或部分退还纳税保证金。同时规定，对个人转让自用5年以上，并且是家庭惟一生活用房取得的所得，免征个人所得税。国家税务总局还在2006年8月1日的通知中强调，要不折不扣地确保维护纳税人的合法权益。这就带来两个问题：一是到底是应该先买房还是先卖房？如果要享受个税保证金返还的优惠，只能先卖后买。而现有住房出售后，再购买新房到装修完工搬进新房，至少要半年以上，那么，这段时间卖房者该往何处安居？二是售房者出售已经居住五年以上的住房，要想免缴个人所得税，条件是“惟一的自有住房”。然而在实际操作上却没有操作性，因为存在异地购房、以亲属名义多处购房等因素，税务机关难以调查核实，房产管理部门也难当此任。有些税务机关采取让售房者书立保证书的形式确定“惟一住房”，也无异于纸上谈兵。
上述政策的难以操作，导致部分地方对二手房转让的个税征收时征时停。